ان صحة الأمعاء تتعلق بتوازن البكتيريا الجيدة والسيئة في الجهاز الهضمي أو القناة الهضمية. يوجد بداخل الجهاز الهضمي تريلونات الميكروبات الصغيرة التي تشكل نظاماً بيئياً داخلياً معقداً ومهماً يُعرف باسم "ميكروبيوم". اذا خرج هذا النظام عن السيطرة عن طريق استهلاك الكثير من الأطعمة الدهنية أو عدم تزويده بالتغذية الكافية فيمكنه ضمان أن أمعائه ستعلمه بذلك... ان صحة الأمعاء مهمة جداً فحوالي 70 في المئة من الخلايا المناعية موجودة في الأمعاء البكتيريا الموجودة في أمعائه مسؤولة أيضاً عن انتاج الفيتامينات الضرورية مثل فيتامين "ب 12". مما يعني أنه اذا لم يكن توازن البكتيريا كما ينبغي، فان استجابته المناعية وصحته الجسدية وحتى مزاجه يمكن أن يتأثر. فمفتاح صحة الأمعاء الجيدة هو التأكد من أن تنوع البكتيريا الموجودة متوازن بعناية.  وهناك مجموعة من عوامل النظام الغذائي ونمط الحياة التي يمكن أن تؤثر سلباً على توازن البكتيريا في الجهاز الهضمي،وهذه العوامل تشمل مستويات الاجهاد، وقلة النوم، والنظام الغذائي المليء بالأغذية المعالجة، وتناول المضادات الحيوية. واذا كان لدى الشخص خلل في بكتيريا الأمعاء، فان أمعاءه لا تعمل على النحو الأمثل وبالتالي قد تكون أكثر عرضة للمرض.