استجوبت قاضية التحقيق العسكري نجاة أبو شقرا الموقوف أحمد الأسير وأصدرت مذكرة وجاهية بتوقيفه في ملف انشاء خلايا نائمة في صيدا ومختلف أحيائها والتخطيط لاغتيال شخصيات دينية وسياسية وعسكرية.
وقد نشرت مجلة "الأمن العام" اللبنانية في عددها لشهر أيلول صوراً خاصة حول عملية توقيف أحمد الأسير في مطار رفيق الحريري الدولي. وتظهر الصور محاولة الأسير التخفي وإدارة وجهه أمام عناصر الأمن العام في المطار لتفادي التعرف عليه.
وبحسب المجلة فقد وصل الأسير إلى المطار في سيارة أجرة. ودخل إلى المطار ولدى تجاوزه التفتيش الأمني، توجه إلى "كونتوار" شركة الطيران للحصول على بطاقة الصعود إلى الطائرة. ثم انتقل بعدها لختم وثيقة السفر عند بوابة الأمن العام. حيث وقف في الصف شأنه شأن المسافرين الآخرين، ينتظر دوره لتقديم وثيقة سفره. ولدى اطلاعه على وثيقة سفره، والاسم المدون عليها وهو خالد العباسي توجه إليه الضابط المسؤول بالقول: "كيفك شيخ أحمد، مش هيك اسمك؟". أجابه: "نعم أنا أحمد الأسير الحسيني". عندئذ طلب منه الضابط مرافقته إلى المكتب.
وفي المكتب، وبحسب المجلة، قيل له: "أنت شيخ ونريد أن نخرجك من المطار طبيعياً وهادئاً. هذا الأمر يعود إليك. هل أنت موافق؟". رد بالإيجاب: "أكيد أخرج في هدوء". بعدها انتقل الأسير برفقة عناصر من الأمن العام إلى خارج المطار من دون أن يلاحظ أحد من الموجودين في الحرم حركة غير اعتيادية.
بعد ذلك توجه به الموكب إلى مكان التوقيف وبوشرت إجراءات التحقيق تحت إشراف القضاء المختص.