دانت الخارجية الإيرانية إعدام المعارض السعودي نمر باقر النمر، متوعدة حكومة الرياض بدفع ثمن باهظ لهذا الإجراء الذي أقدمت عليه. وقال المتحدث باسم الخارجية، حسين جابر أنصاري، إن السياسة اللامسؤولة للحكومة السعودية ستدفع بسببها ثمناً باهظاً. من جهته، استنكر آية الله خاتمي، عضو مجلس خبراء القيادة الإيراني إعدام السعودية المعارض نمر باقر النمر، داعياً منظمة التعاون الإسلامي إلى اتخاذ موقف إزاء ذلك. وصرح خاتمي بأنه يتوقع من منظمة التعاون الإسلامي اتخاذ موقف واضح من عملية إعدام رجل الدين نمر باقر نمر، مشيراً إلى أنه سيطلب من الجهاز الدبلوماسي الإيراني اتخاذ موقف حازم بهذا الصدد. ورجح خاتمي خروج احتجاجات ومظاهرات تنديداً بإعدام النمر الذي وصفه بالجريمة. وفي نفس السياق، استنكر المجلس الإسلامي الشيعي الأعلى في لبنان تنفيذ حكم الإعدام في رجل الدين السعودي النمر ووصفه بـ "الخطأ الفادح". واعتبر نائب رئيس المجلس الشيخ عبد الأمير قبلان  أن إعدام الشيخ النمر إعدام للعقل والاعتدال والحوار. في غضون ذلك، شجب الائتلاف العراقي الحاكم في العراق تنفيذ السعودية حكم الإعدام في الشيخ نمر النمر، وقال نائب في الائتلاف إن هذه الخطوة يراد منها إذكاء الفتنة الطائفية وإشعال المنطقة. إلى ذلك، ندد الحوثيون في اليمن بمقتل نمر النمر، وجاء ذلك في نعي للجماعة على موقع المسيرة التابع لها.