ويشرف قسم المايكروفيلم على هذه المهمة الصعبة خاصة وأن نسبة كبيرة من الوثائق في حالة سيئة، فبعضها أحرقت أو أتلفتها الرطوبة.
وتعمل المكتبة في الوقت الراهن على ترميم الوثائق التي يعود تاريخها إلى الإمبراطورية العثمانية. وتعتبر عمليات الحفظ والترميم طويلة وشاقة.
وظهرت الحاجة للحفاظ على الكتب القديمة لأول مرة في أبريل/نيسان 2003، بعد الغزو الأمريكي للعراق، عندما تم إحراق المكتبة الوطنية ونهب الأرشيف.
وقد فقدت أكثر من 25% من الكتب ونحو 60% من الأرشيف بالمكتبة، حيث تعرض للتدمير نحو 417 ألف كتاب و2618 مخطوطة يعود تاريخها من أواخر العهد العثماني إلى العصر الحديث، بالإضافة إلى 4412 كتاباً ومخطوطة نادرة.
كما يهدف المشروع إلى حماية التاريخ من تهديدات مسلحي داعش بالقضاء على الثقافة العراقية، حيث نشر تنظيم "الدولة الإسلامية" العديد من لقطات الفيديو في الاشهر الاخيرة تظهر تدمير أنصاره لقطع أثرية وحرق آلاف الكتب والمخطوطات النادرة في مدينة الموصل العراقية التي يحتلها التنظيم منذ العام الماضي.